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[remlug]

Voici un article de P. Vandeginste tiré du magazine Futur(e)s de mars 2001.

Bientôt, les bactéries qui soignent

Les microbes ; c’est la santé

Demain, nous domestiquerons les microbes. Certains digèrent déjà nos aliments, font notre pain, notre vin… Mais la science nous prépare, pour demain, des microbes gentils qui soignent, conservent, nettoient, protègent…

Mauvaise nouvelle :
Les usines de munitions rejettent du perchlorate. Bonne nouvelle : le professeur John Coates, de la Southern Illinois University, a une idée pour neutraliser ce produit qui pollue les nappes phréatiques. Il a trouvé des bactéries qui en mangent, comme le Dechlorimonas agitatus. L’une d’elles transforme le poison en sel de table…
Comment encourager la brave petite bête à prospérer sur les lieux toxiques ? En y injectant du vinaigre dont elle raffole… Comme on donne un su-sucre à un chien. Un microbe, au fond, cela se domestique comme un toutou.
Le célèbre DOE (Department of Energy) a mis un million de dollars dans les recherches de John Coates. Au delà du perchlorate, il mise sur d’éventuelles solutions pour traiter demain des hydrocarbures, ou même l’uranium. Cet exemple n’est pas isolé. Chaque semaine, la presse scientifique apporte sa moisson d’histoires de « gentils microbes » : découvertes de souches dotées de nouveaux talents, techniques de culture, nouvelles applications…
Demain, nous allons domestiquer les bactéries et leurs copains. Pour notre santé et celle de la planète.
Le microbe utile est un héros méconnu. Nous ignorons jusqu’au nom de ces innombrables bactéries, levures, algues et autres microscopiques êtres sans lesquels nous ne serions rien. Depuis des milliards d’années, d’obscures bactéries oeuvrent en nos coulisses à prédigérer ce que nos intestins ne savent absorber en l’état. Depuis dix mille ans, ils dont notre pain, notre vin, nos fromages. Pourtant, le mot « microbe » nous fait d’abord penser à un ennemi.

La lutte des classes amibiennes : Ce peuple de l’ombre devrait nous impressionner par le nombre. Dans l’intestin de l’humain moyen, habitent dix mille milliards de bactéries. C’est dix fois plus que le nombre de cellules de notre propre corps. Autrefois, nous profitions naïvement de ces invisibles bienfaiteurs. On gardait précieusement un « bâton de levain » pour faire le pain, on conservait une « pied de cuve » pour ensemencer le comté de l’année suivante…
Il fallait « avoir la main » pour réussir le saucisson. « Et l’on disait que les femmes l’avaient après une naissance, explique Vincent Carlier, professeur d’hygiène alimentaire à l’école vétérinaire d’Alfort.On a compris , depuis, ce qu’il y avait sur ces mains. Des lactobaciles, grâce auxquels le nourisson digère le lait maternel. » Laver les couches faisait partie de la recette.
« En matière d’hygiène, on a longtemps prôné le « pas de microbe du tout », rappelle Vincent Carlier. pour cela, on n’hésitait pas à stériliser, ioniser… Aujourd’hui on raisonne en termes de compétition entre espèces. » Dans de nombreux aliments, les germes ne se contentent pas de décomposer les produits de base et d’en modifier la saveur et l’odeur. Certains occupent le terrain et tiennent en respect les pathogènes. On parle de « flore de barrière ».
»Si vous fabriquez des lardons dans des conditions d’hygiène correcte, explique Vincent Carlier, vous risquez d’y introduire une centaine d’exemplaires par gramme de listeria monocytogenes un germe dangereux. Mais aussi 30 000 lactobacilles et microcoques. Majoritaires à plus de cent contre un, ils occupent le terrain. Vingt jours plus tard, ils tiendrons toujours en respect les listeria. Mais, poursuit-il, dans des conditions « ultra-propres », il se peut que l’on introduise dans ces lardons seulement 10 listeria monocytogenes et 100 lactobacilles et microcoques par gramme. Le rapport n’est plus que de dix à un. Or la listeria prospère mieux au froid que les autres microbes. Du coup, dans un frigo, elle peut prendre le dessus en 30 ou 45 jours. »

Entreprise de nettoyage Cela ne signifie pas qu’une hygiène sommaire serait le dernier cri. Mais plutôt que l’on cherche aujourd’hui à gérer l’équilibre entre populations pathogènes et bénéfiques, plutôt qu’à éradiquer les premières.
Au Canada, Michael Stiles, professeur de microbiologie alimentaire à l’université d’Alberta, s’intéresse ainsi à divers microbes qui se plaisent dans les produits carnés. »Dans un emballage sous vide, dit-il, Leuconostoc gelidum et Carnobacterium piscicola font merveille pour tenir en respect les pathogènes. » Deux invités à venir dans la saucisse du futur ?
Bientôt, on introduira volontairement des microbes dans les lieux trop propres. « On imagine utiliser des flores de barrière lyophilisées pour recontaminer les ateliers »[/i] confirme Vincent Carlier.
Les miracles que peuvent accomplir des microbes amis ne se limitent pas à l’alimentaire. Une discipline récente, la « bioremédiation », les embauche pour lutter contre certaines pollutions, traiter des déchets coriaces. On connaît des microbes capables de fixer ou démonter toutes sortes de toxiques : colorants, solvants, pesticides, herbicides, métaux…
Un exemple entre mille : il y a quelques semaines, Jillian Banfiels, chercheur à l’université du Wisconsin à Madison, publiait dans Science une découverte : il avait trouvé, au fond d’une mine, des bactéries mangeuses de sulfure de zinc. A qui on pourrait éventuellement confier le traitement de certains effluents industriels. Sur le site web de la Michigan State University, la base de données Biodegradative Strain Database liste deux cents espèces de micro-organismes, en indiquant les polluants qu’ils peuvent dégrader. Toluène, phénol, fluorène, benzène, styrène : un vrai défilé de cadeaux empoisonnés de l’industrie.

Les bêtes noires de la pollution Au laboratoire CNRS de syntèse et étude de systèmes à intérêt biologique, à Aubière (Puy-de-Dôme), Pascale Besse n’est pas mécontente de sa méthode d’élimination de la morpholine qui est un solvant : « Mycobacterium aurum et M. chlorophenolicum en font de l’eau et du gaz carbonique. » Même punition pour le 2-mercapto-benzotiazole, agent de vulcanisation et cancérigène. Bien dosés, Rhodococcus erythropolis et R. rhodochrous lui font la peau. Pascale Besse s’attaque maintenant à l’atrazine, un herbicide. Peut-être qu’un gentil Pseudomonas lui règlera un jour son compte dans nos vertes campagnes…
D ‘autres microbes, eux, auraient plutôt une vocation de bâtisseurs. « Bacillus cereus #i]adore le carbonate de calcium »[/i] explique Geneviève Orial, responsable de la section microbiologie du LRMH (Laboratoire de recherche des monuments historiques). Sur la pierre de taille, cette bestiole absorbe le calcaire et s’en fait un cocon. En trois jours, la pierre est couverte d’un voile quasiment étanche, véritable protection contre les intempéries. On parle de « biominéralisation ». Avec six ans de recul, depuis un test positif en 1993 sur l’église Saint-Médard de Thouars (Poitou-Charentes), on a osé appliquer la méthode en 1999 sur un coin de Notre-Dame-de-Paris…
Depuis, la cathédrale Saint-Etienne de Toulouse en a profité en grand. Issu de recherches conjointes avec l’Université Pierre-et-Marie-Curie de Paris et celle de Nantes, le procédé est commercialisé par la société Calcite Bioconcept. « nous avons une vingtaine d’immeubles parisiens à notre actif, explique Jean-François Loubière. Dont Marks & Spencer et l’hôtel Plaza. »

L’ANPE des microbes La liste des emplois imaginés pour les microbes est sans fin. Ainsi ces bactéries fabriquant des molécules pharmaceutiques. Le génie génétique est mis à contribution pour transférer à un microbe un talent – tel produire de l’insuline humaine – dont la nature avait doté d’autres cellules. Demain, les microbes les plus utiles seront peut-être des OGM…
Bien entendu, entre l’idée et l’application se dressent des difficultés. Et l’idée de badigeonner les cuisines aux bactéries (gentilles), afin de lutter contre leurs collègues (pernicieuses), risque d’avoir du mal à passer auprès des ménagères. Tous les microbes ne sont, d’ailleurs, pas aussi efficaces que certains veulent le dire. Les Nestlé (LC1) Danone (Actimel) et autres grands de l’agroalimentaire n’ont pas lésiné en lançant leurs produits laitiers « probiotiques » censés requinquer notre flore intestinale : Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium bifidum, ou Streptociccus thermophilus.
L’industrie a eu tendance à parer ces nouveaux alliés de mille vertus… Mais les chercheurs sont plus réservés. A l’INRA de Jouy-en-Josas, Gérard Corthier, directeur de recherche au Laboratoire de l’écologie microbienne, constate que ces petites bêtes ne font que passer dans l’intestin. Qu’elles réduisent les diarrhées. Mais que rien, rien du tout, ne prouve qu’elles réduisent les cancers.
Pourtant, les recherches avancent. Le « gentil microbe » a de l’avenir. L’exploitation de la bactérie par l’homme ne fait que commencer.

[Cheminot]

Et oui, l'homme, à cause de son orgueil incommensurable et sa petitesse d'esprit, a combattu ce qui lui faisait du bien, et a créé ce qui lui fait du mal.

Lire par exemple cet article de "Nature" dont je tire cet extrait :

Nature 425, 760 - 762 (23 October 2003)

Citation

Truly 'personalized' medicine remains a distant goal. But researchers
are now thinking about how to use genomic data to avoid prescribing
drugs that may kill, or won't work. Alison Abbott reports.

It causes at least 100,000 deaths each year in the United States, and
is responsible for more than 10% of hospital admissions in some
European countries. But this isn't some terrifying emerging infection,
it's the annual toll inflicted by adverse reactions to prescription
drugs. What's more, millions of people are being treated with drugs
that, for them, will never do much good. Beta-blockers, given to reduce
blood pressure, are ineffective in one-third of patients; many
antidepressants don't work in half of the people who take them.

traduction rapide :

Citation

les chercheurs pensent pouvoir utiliser les données du génôme pour évityer de prescrire des médicaments qui tuent ou ne fonctionnent pas.
Ils causent au moins 100000 morts par an aux EU, et sont responsable de plus de 10% des hospitalisations. Par exemple, les bêtabloquants, donnés pour faire baisser la tension artérielle, sont inefficaces chez le tiers des patients. Les antidépresseurs chez la moitié des utilisateurs.

Les décès iatrogènes représentent la troisième cause de mortalité aux EU, et sans doute ailleurs. Encore n'inclut-on pas là-dedans les cancers dus aux produits chimiques et pour lesquels on n'indique pas officiellement de cause
Vraiment, les informations récentes sur notre santé et qui fusent actuellemnt de toutes parts devraient nous faire prendre conscience que l'amélioration de notre condition sanitaire est essentiellement due à l'augmentation du niveau de vie, à l'élimination des conditions d'hygiène déplorables (par des moyens simples liés au confort : chauffage des appartements, réfrigération des aliments), par la disparition du travail pénible grâce aux engins mécaniques, et non pas par l'utilisation de la chimie dans le domaine médical. Moi qui suis chimiste, je suis malheureux quand je pense à tous ces chimistes du 19ème siècle qui ont pensé changer la vie avec des molécules aussi barbares que toxiques (Berthelot, Pasteur,...).
Un des seuls chimistes qui ait grâce à mes yeux est Linus Pauling, deux fois prix Nobel, mais qui fut toujours indépendant des intérêts financiers.